VMD tiene dos formas de control

• Widgets–múltiples y extensibles
• Consola TCL/Tk—interprete del lenguaje TCL
• NOTA:
• VMD, en modo python, acepta comandos en python, pero esto solo funciona si se instaló la versión con ese soporte.
• Python planea eliminar el soporte tk-inter pronto, puede que no funcione en las versiones futuras de VMD.

Notes:

Hay dos maneras de interactuar con VMD:

A través de asistentes gráficos, en las que se introducen las opciones deseadas, mediante el ratón y el teclado.

A través del intérprete tcl/Tk, que ejecuta comandos generales del lenguaje tcl/Tk y funciones añadidas propias de VMD, en sintasis tipo tcl.

A través de un intérprete python/Tk-inter, que ejecuta comandos generales del lenguaje python y funciones añadidas propias de VMD, en sintasis tipo python.

Advertencia: EL soporte de python podría no funcionar en el futuro próximo.