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Contenidos

ENZIMAS: material de apoyo al curso
¿qué es enzima?
definición
Catálsis nos lleva a ...
¿qué es reacción química?
Identifique las RXNs Químicas
Slide 7
Reacciones_químicas
¿cómo medir la rapidez de RXN?
crecimiento exponencial
pendiente
decaimiento expenencial
Ejemplo
¿cuántos valores de rapidez de RXN hay?
Definición de rapidez de RXN
¿En qué sentido avanza una RXN química?
Identifique el sentido en estas RXNs
El sentido en que ocurren es ...
En concepto de equilibrio
Constante de equilibrio y potencial químico
¿En cuánto tiempo se llega al equilibrio?
Concepto de parámetros de estado
¿Qué hace a una reacción rápida o lenta?
Identifique al más rápido...
Proceso lento
¿Cuál fluye más rapido?
...y qué pasa si ocurre en etapas
El concepto de estado de transición
Energía y movimiento molecular
Relación de rapidez y número de moléculas
Modelado del progreso de una RXN Q
Otras relaciones de cinética química
¿Cómo identificar a los determinantes de la rapidez?
La cinética química requiere experimentos
Ejemplo, desnaturalización de LAO
Desnaturalización LAO semilog
Resultado del ejemplo LAO
Rapidez y temperatura
Relación entre rapidez y temperatura
Rapidez y trayectoria hacia productos
La coordenada de RXN con y sin E
Definición de catálisis
Datos del poder catalítico de las enzimas
Concluyendo: las enzimas intervienen la cinética de RXN
Anatomía de una enzima
Ejemplo de coenzimas
Ejemplo de coenzimas... respuestas
bases de la clasificación internacional EC
Un ejemplo y fuentes de información
EC 7.x.x.x
¿Qué características tiene una E?
Especificidad
Baja especificidad vs. promiscuidad
Selectividad
Ejemplo de enantioselectividad
Ejemplo de enantio y regioselectividad
Son eficientes y no se consumen en la RXN
Travajan en condiciones suaves
¿Cómo estudiarlas?
Dualidad: catalisis vs. estabilida de la enzima
Las múltiples variables involucradas
Slide 62
¿como mostrar la relación entre dos variables?
Slide 64
Esplorando las relaciones entre variables
Slide 66
Relaciones lineales e incertidumbre estocástica
Slide 68
La escala de representación y la aparente linearidad
Slide 70
Recomendaciones al analizar resultados gráficos
Slide 72
Slide 73
Aspectos relevantes a considerar al medir
Una RXN enzimática: variando [S]
¿Qué pasa si varío [S] con [E] constante?
La rapidez si depende de [S]
Una RXN enzimática: variación en [E]
resultado de variar la enzima
Ecuaciones típicas de la cinética química
Función esperada
Progreso a tiempos muy cortos
Progreso a tiempos más largos
Sitauciones atípicas, inestabilidad de la E
el concepto de estado estacionario (SS)
modelando una RXN enzimática en SS
La expresión de Michaelis y Menten
Isoterma de saturación por el sustrato
Caso extremo con [S] >> Km
Caso extremo con [S] << Km
Interpretación de V/K
capacidad catalítica y afinidad combiandas
Importancia de la eficiencia catalítica en la célula
Importancia de kcat/Km en un reactor
V/K y límite de la difusión
Cálculo de Km y Vmax
La grafica 1/V vs. 1/[S] e incertidumbre
Un ejemplo con números
Resultado gráfico
Slide 100
Slide 101
Slide 102
Slide 103
Slide 104
Slide 105
Enzimas multisustrato
La ecuación de Michaelis-Menten
Tipos de mecanismos cinéticos (bisustrato)
Relación entre kcat y [E·S]
Relación entre V/K y [E]libre
Patrón de rapidéz inicial bisustrato
Patrón intersectante, reacciones secuenciales
Patrón paralelo, reacciones ping-pong
Inhibición por los productos
Identificando el orden: patrones de inhibición
Cambios de pH en actividad enzimática
pH y actividad
pH y estabilidad
Disección de los efectos
La inización del sitios activo
Efectos sobre [E]libre y [ES]
Efectos de Temperatura y actividad enzimática
Efecto de T sobre la RXN química
La Ec. de Arhenius
Slide 125
El valor de Q10
La teoría de Eyring-Polanyi
La formulación de Kramer
Efectos sobre la estabilidad ¿existe T óptima?
Regulación de las enzimas
Niveles de regulación
Nivel de la expresión génica
Nivel del estado de activación
Disponibilidad de sustrato
Modulación por ligandos
Unión de ligandos a una proteína
Concepto de alosterísmo
Tipos de efectos evocados por ligandos
Constantes de disociación Ki y Ka
Unión cooperativa
Saturación sigmoide
Análisis de la cooperatividad y el alosterismo
Pragmatismo. Modleo de Hill
Descripción operativa. Ecuación de Adair
El modelo simétrico MWC
El modelo secuencial KNF
Un breve vistazo a las bases moleculares del alosterismo
Análisis de la inhibición
Moduladores y constantes de disociación
Casos de inhibición posibles
Casos de activación posibles
Ejemplo del análisis de inhibición S.R.T.
Parámetros APARENTES
Diagnótico mediante dobles recíprocos
Inhibición Competitiva
inhibición acompetitiva
Slide 157
No competitiva clásica
Inhibición Mixta
Parámetros por ajuste global
Slide 161
Slide 162
Regráficos
El valor de Kic y Kiu
Inactivación covalente
inactivantes
Inactivación pseudoprimer order
El regráfico lineal da la constate
La asociación de I es lenta
Hay un ligando protector
Ajuste de los regráficos
Inhibidores fuertemente unidos
Como describirlos

Author: Rogelio Rodríguez Sotres

Email: sotres arroba unam mx

Homepage: http://sitios.quimica.unam.mx/departamento/proteinas/

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ENZIMAS: material de apoyo al curso ¿qué es enzima? definición Catálsis nos lleva a ... ¿qué es reacción química? Identifique las RXNs Químicas Slide 7 Reacciones_químicas ¿cómo medir la rapidez de RXN? crecimiento exponencial pendiente decaimiento expenencial Ejemplo ¿cuántos valores de rapidez de RXN hay? Definición de rapidez de RXN ¿En qué sentido avanza una RXN química? Identifique el sentido en estas RXNs El sentido en que ocurren es ... En concepto de equilibrio Constante de equilibrio y potencial químico ¿En cuánto tiempo se llega al equilibrio? Concepto de parámetros de estado ¿Qué hace a una reacción rápida o lenta? Identifique al más rápido... Proceso lento ¿Cuál fluye más rapido? ...y qué pasa si ocurre en etapas El concepto de estado de transición Energía y movimiento molecular Relación de rapidez y número de moléculas Modelado del progreso de una RXN Q Otras relaciones de cinética química ¿Cómo identificar a los determinantes de la rapidez? La cinética química requiere experimentos Ejemplo, desnaturalización de LAO Desnaturalización LAO semilog Resultado del ejemplo LAO Rapidez y temperatura Relación entre rapidez y temperatura Rapidez y trayectoria hacia productos La coordenada de RXN con y sin E Definición de catálisis Datos del poder catalítico de las enzimas Concluyendo: las enzimas intervienen la cinética de RXN Anatomía de una enzima Ejemplo de coenzimas Ejemplo de coenzimas... respuestas bases de la clasificación internacional EC Un ejemplo y fuentes de información EC 7.x.x.x ¿Qué características tiene una E? Especificidad Baja especificidad vs. promiscuidad Selectividad Ejemplo de enantioselectividad Ejemplo de enantio y regioselectividad Son eficientes y no se consumen en la RXN Travajan en condiciones suaves ¿Cómo estudiarlas? Dualidad: catalisis vs. estabilida de la enzima Las múltiples variables involucradas Slide 62 ¿como mostrar la relación entre dos variables? Slide 64 Esplorando las relaciones entre variables Slide 66 Relaciones lineales e incertidumbre estocástica Slide 68 La escala de representación y la aparente linearidad Slide 70 Recomendaciones al analizar resultados gráficos Slide 72 Slide 73 Aspectos relevantes a considerar al medir Una RXN enzimática: variando [S] ¿Qué pasa si varío [S] con [E] constante? La rapidez si depende de [S] Una RXN enzimática: variación en [E] resultado de variar la enzima Ecuaciones típicas de la cinética química Función esperada Progreso a tiempos muy cortos Progreso a tiempos más largos Sitauciones atípicas, inestabilidad de la E el concepto de estado estacionario (SS) modelando una RXN enzimática en SS La expresión de Michaelis y Menten Isoterma de saturación por el sustrato Caso extremo con [S] >> Km Caso extremo con [S] << Km Interpretación de V/K capacidad catalítica y afinidad combiandas Importancia de la eficiencia catalítica en la célula Importancia de kcat/Km en un reactor V/K y límite de la difusión Cálculo de Km y Vmax La grafica 1/V vs. 1/[S] e incertidumbre Un ejemplo con números Resultado gráfico Slide 100 Slide 101 Slide 102 Slide 103 Slide 104 Slide 105 Enzimas multisustrato La ecuación de Michaelis-Menten Tipos de mecanismos cinéticos (bisustrato) Relación entre kcat y [E·S] Relación entre V/K y [E]libre Patrón de rapidéz inicial bisustrato Patrón intersectante, reacciones secuenciales Patrón paralelo, reacciones ping-pong Inhibición por los productos Identificando el orden: patrones de inhibición Cambios de pH en actividad enzimática pH y actividad pH y estabilidad Disección de los efectos La inización del sitios activo Efectos sobre [E]libre y [ES] Efectos de Temperatura y actividad enzimática Efecto de T sobre la RXN química La Ec. de Arhenius Slide 125 El valor de Q10 La teoría de Eyring-Polanyi La formulación de Kramer Efectos sobre la estabilidad ¿existe T óptima? Regulación de las enzimas Niveles de regulación Nivel de la expresión génica Nivel del estado de activación Disponibilidad de sustrato Modulación por ligandos Unión de ligandos a una proteína Concepto de alosterísmo Tipos de efectos evocados por ligandos Constantes de disociación Ki y Ka Unión cooperativa Saturación sigmoide Análisis de la cooperatividad y el alosterismo Pragmatismo. Modleo de Hill Descripción operativa. Ecuación de Adair El modelo simétrico MWC El modelo secuencial KNF Un breve vistazo a las bases moleculares del alosterismo Análisis de la inhibición Moduladores y constantes de disociación Casos de inhibición posibles Casos de activación posibles Ejemplo del análisis de inhibición S.R.T. Parámetros APARENTES Diagnótico mediante dobles recíprocos Inhibición Competitiva inhibición acompetitiva Slide 157 No competitiva clásica Inhibición Mixta Parámetros por ajuste global Slide 161 Slide 162 Regráficos El valor de Kic y Kiu Inactivación covalente inactivantes Inactivación pseudoprimer order El regráfico lineal da la constate La asociación de I es lenta Hay un ligando protector Ajuste de los regráficos Inhibidores fuertemente unidos Como describirlos