Esta proteína tiene múltiples subunidades solubles que asoman a la matriz y varias subunidades que cruzan la membrana.
La región soluble posee los grupos acarreadores de electrones, además del sitio de unión a NADH, es decir al sustrato de la enzima.
Por otro lado, en la región transmembranal residen los canales translocadores de protones y el sitio de unión al segundo sustrato, es decir a la ubiquinona.