La proteína actua como un homodímero obigado, es decir, el monómero aislado carece de actividad.
Cada subunidad tiene 2 hemo (a y a3), 3 Cu, Mg y Zn
El sitio llamado CuA tiene 2 átomos de Cu, el sitio llamado CuB tiene Cu y Fe (del Cyt a3) en un centro metálico binuclear, en el que ocurre la reducción del dioxígeno.