En los Eucariotes
Para identificar las proteínas que deben degradarse, la célula poseen una maquinaria capaz de etiquetar a las proteínas que yo no son útiles.
Esta etiqueta es una proteína pequeña de 8 kDa llamada ubiquitina, porque está presente en todos los Eucariotes. En Bacterias y Archeas hay proteínas que realizan esta función y se llaman PUPs y SAMPs, respectivamente.
En Eucariontes la Ubiquitina se une por su extremo carboxilo a un residuo de Lisina de la proteína a etiquetar.
Las enzimas responsable de poner la etiqueta reciben el nombre de E3-ligasas y requiren de la ubiquitina activa, unida como tioester, a una cisteína de la proteína acarreadora, llamda E2.