Aquí se esquematiza un sistema clásico de cromatografía.
Una bomba inyecta líquido a la columna que proviene de un mezclador, facilitando el cambiar la composición del eluyente.
A la salida de la columna el líquido pasa por un detector, que en el caso de proteínas es generalmente un espectrofotómetro UV.
La señal es detectada por una computadora para registrarla.
Al final, un colector de fracciones recoge el líquido, en tubos pequeños, separando el eluato en decenas o cientos de fracciones, en las que luego podemos rastrear la proteína de interés, gracias a su actividad biológica.