En la técnica ilustrada aquí, el gel tiene polímeros con grupos amortiguadores llamados polianfolitos. Se puede aplicar ácido al ánodo y base al cátodo, para que los protones migren hacia el cátodo y los hidroxilos hacia al ánodo, neutralizandose mutuamente en el camino, pero debido al efecto amortiguador de los polianfolitos, se genera un gradiente de pH, a lo largo del gel.
Al aplicar las proteínas, según el pH en que estén y su pI, migran hacia el ánodo, o hacia el cátodo, hasta estacionarse en donde el pH iguala a su pI, en donde se quedan enfocadas.
Esta técnica separa en función del balance de grupos ionizables de la molécula y se conoce como enfoque isoeléctrico.