shell scripting

• You may also store shell commands in a file and use them as a new command.
• Start always with:
• #!/bin/bash
• other lines starting with # are ignored
• one a t a time, lines are inspected and executed.
• variables are local, i.e. only defined inside the parent shell.

• Example :
• #!/bin/bash
• #count lines matching argument 2 (as regexp) for files defined by argument 1
• imsk=${1:-*.pdb}
• ire=${2:-^ATOM }
• # *.pdb and "^ATOM " are the default values
• for nfl in `ls ${imsk}`
• do
• echo -nonewline "${nfl}:\t"
• grep ${ire} | wc -l
• done
• # write this in: filtNcount, and give it execution # permission to make it a command

Notes:

Scripts del Shell

Es posible escribir comandos en un archivo y pasarlo automáticamente a Bash para que lo ejecute.

Estos comienzan con:

gato, admiración, /bin/bash

Siempre en la primera línea. Si otras líneas inician con gato, estas se ignoran.

Se ejecuta una línea a la vez.

Las variables son locales, deben definirse en el script y al terminar se olvidan.

la notación ${1:-*.pdb}, ${2:-^ATOM } son parámetros que representas argumentos en la línea de comandos.

“:-” indica el valor por omisión, *.pdb y ^ATOM, repectivamente.

Analice este ejemplo, que se ejecutaría así:

chmod +x flitNcount

./filtNcount '*.pdb' "^MODEL"

Sirve para contar los MODELOS en los archivos pdb.

Note el uso de apóstrofes, para evitar que *.pdb se reemplace por una lista antes de la ejecución, porque eso altera el orden de argumentos.