MECANISMOS DE CATÁLISIS ENZIMÁTICA.
2a. CARBOXIPEPTIDASA A: estructura y sitio activo.
La carboxipeptidasa posee una estructura tipo a-b (presione el botón modelo esquema bajo la imagen izquierda) con una secuencia de pares de hojas bparalelas, antipalalelos entre si. En esta estructura, es interesante notar que la región entre el canto de la region central de hojas b y la región adyacente de hélices a se encuentra distorcionada por la presencia de numerosos giros y regiones con estructura secundaria irregular que forma una cavidad en la proteína (presiones el boton de grupos laterales).
La cavidad constituye el bolsillo de unión del sustrato a la proteína (presione bolsillo de unión). En este sitio puede observarse el átomo zinc que forma parte de los grupos cataláticos. Este átomo (en color marrón) está unido a los residuos de aminoácido His69, Glu72 e His196 mediante enlaces de coordinación y se encuentra coordinado también a una molécula de agua que participa en la catálisis ácida (vease página de la química de la catálisis).
En la figura de la derecha se han superpuesto tres imágenes de los aminoácidos catalíticos de la proteína tal y como se determinaron en tres critales diferentes: La enzima libre, la enzima unida a un sustrato muy pobre (glycyl tirosina) y la enzima unida a un fosfonato sintético, análogo del estado de transición propuesto para esta enzima.
Si presiona el botón "animar", podrá observar en secuencia los movimientos que ocurren en la proteína en cada uno de los estados. Observe sobre todo el movimiento de la tirosina 248, cuya distancia al lugar del sitio activo que será ocupado por el carboxilato terminal del sustrato se monitorea durante la transición.
Usted puede monitorear otras distancias empleando el botón "monitorear distancias" y haciendo clik sobre los átomos cuya distancia desea medir. Los átomos seleccionados pueden perteneder a modelos diferentes. Si desea identificar los grupos que pertenecen a cada modelo presione "colorear por modelo"
Continuar con la química de la catálisis
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