Como los Ribosomas son muy importantes, las mutaciones se acumulan muy lentamente, por lo que se usan con mucha frecuencia para analizar la evolución.
Los tres grandes dominios de la vida serían pues:
Bacteria, a veces llamado "Eubacteria", que significa bacterias verdaderas.
Archaea, también llamado simplemente arquea o inicialmente Archaeobacteria.
Eukarya, o simplemente "Eucariontes", que significa poseedores de núcleo verdadero.
Abajo se muestra la secuencia de un fragmento de RNA ribosomal representativo de cada dominio. Podemos ver una inserción propia de Archaea y Eukarya, ausente en Bacteria, que justifica el proponer que los Eucariontes radiaron de las Archaeas y no directamente de las Bacterias.