Las hipótesis recientes sugieren que los eucariontes se formaron por la “inclusión” endosimbiótica de una proteobacteria en una archaea
Aunque los detalles de como pudo ocurrir aún se debaten.
Modelo de Margullis
Modelo de Baum
Soportado por datos moleculares, se propone que una Archaea hospedó a una α-proteobacteria intracelular, en una relación mutuamente benéfica, o endosimbiosis.
El Endosimbionte pasó varios genes al genoma de la Archaea y, así, perdió la capacidad de vivir en forma libre, convirtiéndose en un organelo.
En el modelo de Baum y Baum, la interacción fue mediada por proyecciones del citoplasma de la Archaea, que son las que dieron origen al sistema endomembranoso, y a la membrana nuclear porosa.