Sitio 1, activación del fosfato
Sitio 2, Tranferencia al nucleótido
La succinil-CoA sintetasa tiene un mecanismo con dos sitios activos.
El tioester tiene un ΔGº'HIDRÓLSIS << 0 y suficiente para formar un anhídrido mixto. La reacción es una FOSFORÓLISIS porque es fosfato y no agua el que desplaza al tiol.
El anhídrido fosforila a la enzima en una histidina formado una fosfamida.
En un segundo sitio el fosfato pasa de la fosfamida al nucleótido.