Región transmembranal (a), con la subunidad de unión a quinona
3 subunidades translocadoras de protones (b) , con dos dominios que semejan a los transportadores de Na+ (c,e).
Una larga hélice transversal cruza las subunidades desde la última bomba hasta el sitio de unión de la quinona/quinol, a 150 Å del distancia (b).
Efremov, R. G. et al. Nature (2011) 476: 414-420 .
La región transmembranal tiene tres subunidades homólogas de los canales de sodio, c/u con un canal de protones, la última posee una larga hélice transversa que cruza hasta la primera subunidad en el vértice de la L.
En dicho vértice está, como se ha dicho, el sitio de unión a ubiquinona, pero además hay un canal de protones adicional y se conecta con el pasaje para electrones en el brazo periférico de la enzima.