En la citocromo oxidasa los electrones son alimentados uno a uno y se requiren 4 e– para completar la reacción, el centro binuclear es esencial para evitar especies reactivas de oxígeno en disolución que dañan a la célula.
Gradualmente se forman especies dioxo, peróxido, óxido, hidróxido e hidrato de hierro, de modo que las especies reactivas están contenidas.
El Fe y el Cu "prestan" electrones temporalmente para completar las reacciónes, luego el prestamo se paga con nuevos e– que llegan desde el citocromo C, en forma gradual.
Se toman H+ del medio para formar 2 H2O. La entrada de estos protones es direccional, pues llegan desde la matriz.