Los "canales" de protones de la citocromo oxidasa son más bien "conductores" de protones (proton wires) en donde diversos grupos protonables modifican sus pKa para conducir protones hasta el sitio activo.
Por cada protón que llega de la matriz al sitio activo, para añadirse al producto, otro más es translocado al espacio intermembranal.
Sin embargo, no todos los detalles de este proceso han sido elucidados.