Está asociada a la poliadelnilación y cuando el mRNA es poliadenilado, el transcrito se corta. Eventualmente la polimerasa es pausada y disociada.
Bajo condiciones de estrés la transcripción puede continuar y transcribir regiones que normalmente no se transcriben
El mecanismo de terminación de la RNA polimerasa II eucarionte es completamente diferente a los mecanismos observados en procariontes.
Este mecanismo está asociado a una modificación llamada poliadenilación, que se describe adelante.
Factores asociados al CTD hiperfosforilado de la RNA polimerasa II reconocen una secuencia del transcrito llamada señal de poliadenilación y hacen un corte endonucleotídico, liberando el mensaje.
La RNA polimierasa puede continuar transcribiendo un pequeño fragmento, pero en general se para y se disocia un poco adelante.