La doble hélice reduce la exposición de las bases y enmascara la absorción UV.
Cuando el DNA se calienta, los puentes de Hidrógeno se rompen y las bases se exponen, aumentando así su absorción UV (efecto hipercrómico).
El apilamiento, de las nubes aromáticas de las bases, se puede hacer evidente, por un descenso de la absorción UV del DNA de cadena sencilla, cuando se forma la doble hélice.
Por el contrario, cuando la doble hélice de DNA se calienta suficiente, la doble hélice se pierde por la ruptura de los puentes de H y la absorbencia UV aumenta, esto se conoce como efecto hipercrómico y se puede usar para cuantificar la estabilidad de una doble hélice de DNA.