Esta propiedad se puede usar para medir la temperatura de fusión de una doble hélice
En la imagen se ilustra el efecto hipercrómico para dos DNA de doble hélice, que poseen diferente temperatura de fusión.
Debido a que los pares de bases G≣C tienen tres puentes de hidrógeno y los pares A=T llevan dos, los primeros añaden más estabilidad a la doble hebra.
En el ejemplo, el DNA que produce el trazo rojo, tiene mayor contenido de pares GC que aquel que produjo es trazo azul.
EL valor indicado como tm es llamado punto de fusión de la doble hélice.