En las cadenas sencillas, el plegamiento de la cadena permite el apareamiento de regiones con complementaridad parcial para formar estructuras tipo “horquilla” o "pasador", llamadas “tallo-asa”
En algunas condiciones en la Biología, pueden generar hebras sencillas y las hebras sencillas tienen a plegarse sobre si mismas para formar puentes de hidrógeno y ocultar las regiones apolares de las bases.
Esto se favorece si las cadenas tienen segmentos de complementariedad interna, es decir, secuencias como la que se muestra en la imagen.
El concepto es muy importante en el diseño de oligonucleótidos para purebas de PCR, porque las secuencias con complementariedad interna tienden a no aparearse con el DNA contra el que están dirigidas, sino consigo mismas.