En la electroforesis empleamos un campo eléctrico para hacer que las proteínas migren.
Las proteínas migran hacia el cátodo si están a un pH menor a su pI, o hacia el ánodo si están a un pH mayor a su pI, o no migran, si el pH es igual al pI.
Al concluir la separación, queremos que las proteínas permanezcan separadas. Por ello empleamos un gel, que las mantiene en su sitio por más tiempo, limitando la difusión.
El gel genera fricción durante la migración, por lo cual las proteínas grandes se mueven más despacio. es decir, en la separación intervienen la carga y la masa.