Cuando estamos purificando una muestra, resulta muy útil saber la complejidad de la misma, pues en la proteína pura, esperamos uno o unos pocos polipéptidos.
Para ello empleamos técnicas analíticas, es decir protocolos que analizan la complejidad de la mezcla, con una muestra tan pequeña como sea posible.
Aquí no importa alterar la muestra, pues no pretendemos recuperarla.
Las técnicas analíticas más empleadas son:
La electroforesis en gel
La electroforesis capilar
y las técnicas de espectrometria de masas, acopladas a algún método de separación o ionización de la muestra, tales como HPLC-ESI-MS, MALDI-TOF-MS, y otras más.