El plegamiento nativo depende de las fuerzas físicas que estabilizan los contactos internos.
La presencia de detergentes perturba las interacciones hidrofóbicas, expone al solvente a los puentes de hidrógeno y demás interacciones electrostáticas.
Los agentes caotrópicos como UREA y GUANIDINA alteran la estructura del agua y aumentan la exposición de la proteína al solvente.
Condiciones extremas de pH cambian el estado de ionización y afectan los puentes de hidrógeno y otras interacciones electrostáticas.
El calentamiento debilita las fuerzas físicas de estabilización y promueve la agregación inespecífica de las proteínas.
Los solventes no acuosos también penetran a las regiones apolares de la proteína y favorecen la pérdida del estado nativo.
Finalmente, hay proteínas con actividad enzimática proteolítica, capaces de catalizar la hidrólisis de enlaces peptídicos. La adición de compuestos ihibidores de las proteasas es una práctica común en los protocolos de purificación.