La proteína puede también digerirse con una proteasa como TRIPSINA que la corta en donde se presente lisina o arginina en su secuencia.
Esto nos da fragmentos más pequeños para inyectar al equipo de masas y facilitar su análisis.
Si se emplea una técnica de ionización agresiva, y un segundo equipo de masas en tandem, los enlaces peptídicos se rompen, produciendo fragmentos de diversos tamaños.
En este ejemplo la carga está en el extremo carboxilo y solo se observan los fragmentos cuando conservan ese grupo.
Estos fragmentos se llaman fragmentos Y.