Otra pieza de información fundamental es la estructura tridimensional de la proteína.
Ésta es difícil de obtener y no siempre es posible hacerlo.
La técnica más empleada ha sido la cristalografía por difracción de rayos X.
Para esta técnica hay que tener un cristal, lo que no siempre se consigue.
Por otro lado, en Resonancia Magnética Nuclear, es necesario producir la proteína con enriquecimiento isotópico de 13C y 15N. De otro modo las señales son muy débiles y no se logran resolver.
Adicionalmente, la Criomicrocopía usa técnicas de difracción semejantes a las de critalografía, pero con un haz de electrones, que incide sobre una muestra plana que no necesita ser ordenada.
Finalmente, la predicción in silico permite obtener aproximaciones teóricas y los avances recientes con Inteligencia Artificial son muy promisorios.
La combinación de Criomiscroscopía y predicción teórica han permitido avances deslumbrantes, que se pensaban imposibles,
hace apenas un par de años.
Los resultados de todas esta determinaciones, están depositados en una base pública llamada: Protein Data Bank.