Las técnicas de espectrometría de masas son muy diversas
Empleando la instrumentación adecuada se pueden aplicar diversos métodos de fragmentación y ionización.
Así, se puede determinar no solo la secuencia de residuos de aminoácidos proteícos clásicos, sino sus modificaciónes, como la fosforilación, la glicosilación, la adición de lípidos, la coordinación con metales y varias otras más.