La alteración de los genes puede dar lugar a RNA o proteínas con secuencias alteradas.
Dado que las proteínas realizan muchas funciones celulares, estos cambios se pueden traducir en cambios de la función, que se pueden manifestar en el fenotipo.
Alineando las secuencias de proteínas de diferentes organismos, podemos inferir los cambios que ocurrieron en el proceso evolutivo.