La reacción inicia con la formación de la ALDIMINA, o base de Schiff, entre el azúcar y una lisina de la enzima.
Los carbonilos forman ENAMINAS con facilidad, pero en la enzima la reacción es muy rápida, pues grupos ácido-base de la proteína la catalizan.
La unión covalente sustrato-enzima, o CATÁLISIS COVALENTE atrapa al sustrato y favorece su conversión, pero enlace es transitorio.
Otro protón se remueve del alcohol 4 y promueve la ruptura del enlace entre los carbonos oxidados. La ALDIMINA es ahora su tautómero ENAMINA y la aldotriosa sale, dejando entrar agua.
Mediante reprotonación se restablece la ALDIMINA y luego se hidroliza, regenerando a la enzima.