La segunda parte es la trasferencia del acetal al ácido lipoico y de ahí el tioester es transferido a CoA
El ácido lipóico debe moverse de su anclaje en E2 al sitio E1 para una capturar al carbanión estable del Hidroxietil-TTP y regresar al sitio E2 para transferir al tioester.
La reacción procede con una oxidoreducción interna, pues el par de electrones pasa a un azufre y el carbono queda unido al otro azufre del disulfuro.
EL acetal quedó oxidado a tioester de ácidio carboxílico y los electrones están ahora en el ácido lipoico.
Se captura parte de la energía de la oxidación en el tioester, con su ∆Gº' de hidrólisis muy negativo.