El paso final requiere de que la lipoamida se mueva al sito E3
El par de electrones es transportado de manera separada para reducir al FAD a FADH2 en el sito activo de esta enzima
Luego los electrones pasan al NADH para que puedan difundir hasta la cadena respiratoria.
La reacción se completa en el sitio E3.
Cuando el ditiolipoato es reoxidado a disulfuro, para lo que debe moverse desde el sito E2.
El par de electrones pasa primero al FADH2 que está fuertemente unido a la enzima. Las "flavoproteínas" tienen color amarillo debido a la flavina.
El aceptor final de electrones es el NADH que va a la cadena respiratoria para ser reoxidado.