La recombinación homologa explica también el intercambio de genes durante la conjugación bacteriana.
La bacteria donadora copia su genoma como cadena sencilla y lo transfiere a través de un puente entre los citoplasmas que se forma por medio del llamado pilli sexual bacteriano.
La bacteria receptora acepta el DNA identifica un sitio en donde las secuencia muestren alta semejanza entre sí y realiza eventos de recombinación a partir de ahí.
La conjugación siempre inicia en el mismo sitio del genoma y dura 100 minutos. Por eso el mapa genético de E. coli se mide en minutos.