En la recombinación sitio específico, tanto el DNA donador como el DNA aceptor están flanqueados por secuencias específicas.
La recombinasa puede generar uniones de Holiday entre la hebas y al intercambiar las regiones flanqueantes, puede insertar el DNA que queda enmedio
Mediante un mecanismo semejante puede volverlo a eliminar, o puede también invertir el DNA cambiando el sentido en que queda insrtada la información.