En la transposición, solo el DNA donador requiere las secuencias flanqueantes.
La recombinasa las reconoce y, con ayuda de otras proteínas parecidas a proteínas de reparación, introduce cortes simétricos en el DNA genómico, deja dos extremos de cadena sencilla y usa estos segmentos para insertar el DNA foráneo.
Cuando el transposon deja el sitio, el DNA original queda parcialmente repetido en el sitio de inserción.