Región central o núcleo (vista desde el citoplasma). Los lípidos quedan excluidos de esta zona y pueden generar pasajes selectos
Región o dominio intracelular
Región o dominio extracelular
Región o dominio transmembranal
Gracias a la presencia de cruces transmembranales, las proteínas integrales modifican la permeabilidad membranal.
Algunas proteínas integrales, llamadas transportadores, facilitan la permeación de moléculas específicas, al generar poros o canales con una especificidad exquisita por los solutos de importancia biológica, como azúcares, iones metálicos, aminoácidos y otros varios.
Otras, pueden transmitir cambios de conformación en las regiones externas, hacia las internas, en respuesta a la unión de un compuesto específico. Esto facilita que la percepción de estímulos en el exterior, de lugar a repuestas adaptativas en el interior de la célula.