Para que la DNA polimerasa puede encontrar cadena sencilla, se requiere fundir la doble hélice. Esto requiere energía para romper los puente de H.
La célula usa una máquina molecular que consume ATP para proveer cambios conformacionales que separan la doble hélice mecánicamente, rompiendo los puentes de H.
Para que los puentes no se formen de nuevo, se requiere que las proteínas de unión a cadena sencilla de DNA, o SSB (por sus siglas en Inglés, single stranded binding protein) ocupen la hebra sencilla y eviten su reasociación.