Las DNA polimerasa tiene además un segundo sitio activo de nucleasa que puede cortar el último nucleótido de la hebra naciente.
Es decir son EXOnucleasas 3'→5' . Exo significa que cortan el último nucléotido del lado 3'OH, por lo que la dirección es opuesta a la dirección de la síntesis, que siempre sigue la dirección 5'→3'.
Esto equivale a deshacer la última reacción de síntesis, lo que ocurre cuando se detecta un error.